Zgodnie z obowiązującymi rekomendacjami badania laboratoryjne w kierunku boreliozy należy wykonać wyłącznie w przypadku, kiedy pacjent manifestuje objawy mogące sugerować boreliozę. Wykonywanie badań u osób bezobjawowych nie ma sensu, gdyż testy laboratoryjne wykrywają przeciwciała, które są jedynie dowodem na kontakt z patogenem w przeszłości.
W rozpoznaniu boreliozy istotny jest czas nazywany „oknem serologicznym”. W przypadku, gdy pacjent zbyt wcześnie po ukłuciu przez kleszcza wykona badania laboratoryjne, mogą dać one wynik negatywny. Dzieje się tak dlatego, że organizm potrzebuje pewnego czasu, aby wytworzyć specyficzne względem patogenu przeciwciała. Czas, w którym pacjent jest seronegatywny, czyli kiedy wyniki badań serologicznych, pomimo zakażenia, są negatywne, nazywamy oknem serologicznym. Innymi słowy: jest to czas, jaki mija od zakażenia do pojawienia się we krwi pacjenta specyficznych przeciwciał.
W przypadku boreliozy okno serologiczne trwa średnio 4 tygodnie. Wykonanie badań w czasie krótszym niż 4 tygodnie od ukłucia przez kleszcza stwarza ryzyko uzyskania wyniku fałszywie negatywnego.
Nie ma konieczności powtarzania badań przeciwciał celem monitorowania skuteczności leczenia boreliozy. O skutecznej antybiotykoterapii świadczy ustąpienie objawów klinicznych. Należy pamiętać, że nawet po prawidłowym leczeniu swoiste przeciwciała (zarówno IgG, jak i IgM) mogą utrzymywać się w surowicy pacjenta przez wiele lat. Zdarza się, że przeciwciała klasy IgM, które uznawane są za marker aktywnej infekcji, mogą być przetrwałe i nie wskazują w tej sytuacji na aktywne zakażenie.
W przypadku, gdy antybiotykoterapia (niekiedy dwukrotna) nie powoduje ustąpienia objawów, należy rozważyć inne przyczyny dolegliwości pacjenta.